根据《国家税务总局关于外贸企业丢失增值税专用发票抵扣联出口退税有关问题的通知》（国税函[2010]162号）规定，对于企业丢失增值税专用发票应分以下两种情况处理：
一是发票联与抵扣联全部丢失时，根据国税函[2010]162号文件规定，对于外贸企业丢失已开具增值税专用发票发票联和抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
二是有发票联但抵扣联丢失时，根据国税函[2010]162号文件规定，对于外贸企业只丢失已开具增值税专用发票抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票发票联复印件向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
另外，在办理此项业务时还有两点需要注意：
一是根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）规定，自2010年1月1日以后，增值税专用发票等扣税凭证抵扣期限，由90天调整为180天。那么，外贸企业丢失已开具的增值税专用发票（抵扣联或发票联），如还未认证的应在规定期限的180天内及时进行认证，并按上述两类情况的要求办理出口退税的有关事宜。
二是对于各地主管出口退税的税务机关为了加强出口退税的管理与审核，在增值税专用发票信息比对无误的情况下，才能按现行出口退税有关规定办理外贸企业丢失已开具增值税专用发票的出口货物。
2、增值税发票丢失怎么办理退税
答复:您好，根据国税函[2010]162号文件规定:“外贸企业丢失已开具增值税专用发票发票联和抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税”。在办理退税时，外贸企业必须提供《丢失增值税专用发票已报税证明单》原件，《已报税证明单》必须由销售方所在地主管税务机关加盖公章，购买方主管税务机关须在《已报税证明单》上签署意见:“情况属实，未申报抵扣”字样，并加盖公章。另外需提供的发票其他联次复印件，均需经办人签字声明与原件相符，并加盖企业公章。如有其它疑问，欢迎继续在电子口岸政务咨询平台上提问，谢谢本网站所提供的信息和服务结果仅供参考，不保证所提供的资料和服务没有任何瑕疵，本网站对所有的网站的内容有修改和解释权。
3、退税的票据丢了怎么办?
根据相关规定，外贸企业丢失增值税专用发票抵扣联，办理出口退税可遵循以下操作方法：
（1）外贸企业丢失已开具增值税专用发票发票联和抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
（2）外贸企业丢失已开具增值税专用发票抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票发票联复印件向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
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4、外贸企业丢失进货专用发票抵扣联如何退税？
根据《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发[2006]156号）第二十八专条规定精神，现属对外贸企业丢失增值税专用发票抵扣联办理出口退税的问题通知如下：
一、外贸企业丢失已开具增值税专用发票发票联和抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
二、外贸企业丢失已开具增值税专用发票抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票发票联复印件向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
三、对属于本通知第一、二条规定情形的，各地主管出口退税的税务机关必须加强出口退税审核，在增值税专用发票信息比对无误的情况下，按现行出口退税规定办理出口退税事宜。
5、发票丢了了可以退税吗？
根据《增值税专 用发 票使 用规定》文件的“第二十八条 一般纳税人丢失已开具专 用发 票的发 票联 和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专 用发 票记 账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专 用发 票已 报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。” 但出口退税好象必须提供专用发票原件，建议企业最好再咨询一下当地税务机关。
6、出口发票退税联丢失怎么办？
出口发票退税联丢失的话，可以重新开具出口销售发票，凭此发票退税联到主管退税机关办理退税业务。
出口货物退（免，Export Rebates）税，简称出口退税，其基本含义是指对出口货物退还其在国内生产和流通环节实际缴纳的增值税、消费税。出口货物退税制度，是一个国家税收的重要组成部分。出口退税主要是通过退还出口货物的国内已纳税款来平衡国内产品的税收负担，使本国产品以不含税成本进入国际市场，与国外产品在同等条件下进行竞争，从而增强竞争能力，扩大出口的创汇。