根據《國家稅務總局關於外貿企業丟失增值稅專用發票抵扣聯出口退稅有關問題的通知》（國稅函[2010]162號）規定，對於企業丟失增值稅專用發票應分以下兩種情況處理：
一是發票聯與抵扣聯全部丟失時，根據國稅函[2010]162號文件規定，對於外貿企業丟失已開具增值稅專用發票發票聯和抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符後，可憑增值稅專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。
二是有發票聯但抵扣聯丟失時，根據國稅函[2010]162號文件規定，對於外貿企業只丟失已開具增值稅專用發票抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符後，可憑增值稅專用發票發票聯復印件向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。
另外，在辦理此項業務時還有兩點需要注意：
一是根據《國家稅務總局關於調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》（國稅函[2009]617號）規定，自2010年1月1日以後，增值稅專用發票等扣稅憑證抵扣期限，由90天調整為180天。那麼，外貿企業丟失已開具的增值稅專用發票（抵扣聯或發票聯），如還未認證的應在規定期限的180天內及時進行認證，並按上述兩類情況的要求辦理出口退稅的有關事宜。
二是對於各地主管出口退稅的稅務機關為了加強出口退稅的管理與審核，在增值稅專用發票信息比對無誤的情況下，才能按現行出口退稅有關規定辦理外貿企業丟失已開具增值稅專用發票的出口貨物。
2、增值稅發票丟失怎麼辦理退稅
答復:您好，根據國稅函[2010]162號文件規定:「外貿企業丟失已開具增值稅專用發票發票聯和抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符後，可憑增值稅專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅」。在辦理退稅時，外貿企業必須提供《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》原件，《已報稅證明單》必須由銷售方所在地主管稅務機關加蓋公章，購買方主管稅務機關須在《已報稅證明單》上簽署意見:「情況屬實，未申報抵扣」字樣，並加蓋公章。另外需提供的發票其他聯次復印件，均需經辦人簽字聲明與原件相符，並加蓋企業公章。如有其它疑問，歡迎繼續在電子口岸政務咨詢平台上提問，謝謝本網站所提供的信息和服務結果僅供參考，不保證所提供的資料和服務沒有任何瑕疵，本網站對所有的網站的內容有修改和解釋權。
3、退稅的票據丟了怎麼辦?
根據相關規定，外貿企業丟失增值稅專用發票抵扣聯，辦理出口退稅可遵循以下操作方法：
（1）外貿企業丟失已開具增值稅專用發票發票聯和抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符後，可憑增值稅專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。
（2）外貿企業丟失已開具增值稅專用發票抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符後，可憑增值稅專用發票發票聯復印件向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。
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4、外貿企業丟失進貨專用發票抵扣聯如何退稅？
根據《國家稅務總局關於修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》（國稅發[2006]156號）第二十八專條規定精神，現屬對外貿企業丟失增值稅專用發票抵扣聯辦理出口退稅的問題通知如下：
一、外貿企業丟失已開具增值稅專用發票發票聯和抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符後，可憑增值稅專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。
二、外貿企業丟失已開具增值稅專用發票抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符後，可憑增值稅專用發票發票聯復印件向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。
三、對屬於本通知第一、二條規定情形的，各地主管出口退稅的稅務機關必須加強出口退稅審核，在增值稅專用發票信息比對無誤的情況下，按現行出口退稅規定辦理出口退稅事宜。
5、發票丟了了可以退稅嗎？
根據《增值稅專 用發 票使 用規定》文件的「第二十八條 一般納稅人丟失已開具專 用發 票的發 票聯 和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專 用發 票記 賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專 用發 票已 報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。」 但出口退稅好象必須提供專用發票原件，建議企業最好再咨詢一下當地稅務機關。
6、出口發票退稅聯丟失怎麼辦？
出口發票退稅聯丟失的話，可以重新開具出口銷售發票，憑此發票退稅聯到主管退稅機關辦理退稅業務。
出口貨物退（免，Export Rebates）稅，簡稱出口退稅，其基本含義是指對出口貨物退還其在國內生產和流通環節實際繳納的增值稅、消費稅。出口貨物退稅制度，是一個國家稅收的重要組成部分。出口退稅主要是通過退還出口貨物的國內已納稅款來平衡國內產品的稅收負擔，使本國產品以不含稅成本進入國際市場，與國外產品在同等條件下進行競爭，從而增強競爭能力，擴大出口的創匯。